7 ans après la mort de Michael Scofield, Lincoln Burrows est retombé dans ses vieux travers, Sara Scofield a refait sa vie et T-Bag est libéré de Fox River pour bonne conduite. Ce dernier récupère un courrier anonyme contenant une photo de Michael, laissant supposer qu’il est en vie, et le nom d’une prison au Yemen : Ogygia. Lincoln demande l’aide de C-Note, devenu religieux, pour se rendre dans ce pays en guerre civile et retrouver son frère…