Après avoir tiré sur le Caméléon, Callen fait un séjour en prison mais bénéficie d’une sortie anticipée grâce à l’intervention d’Owen Granger. Néanmoins, la fusillade fait officiellement l’objet d’une enquête et Callen est suspendu. Sam lui apprend que Hetty a quitté ses fonctions. Sous la responsabilité de Granger, le reste de l’équipe est en mauvaise posture car la CIA mène une campagne de désinformation contre le NCIS.