Deux semaines après s’être embrassés, Jane et Lisbon sont de retour au FBI, en couple, mais décident de cacher leur relation aux membres de leur équipe ainsi qu’à Abbot. Ils enquêtent sur le meurtre d’un agent du FBI qui était sous couverture. Plus-tard, l’enquête va les orienter sur la piste d’un trafic d’armes et sur un autre meurtre datant de 10 ans.
Parallèlement, un nouvel agent venant de Quantico fait son apparition, Michelle Vega remplace Fisher, qui a demandé à être muté à Seattle. Elle intègre rapidement l’équipe.